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作者面对的领域研究问题包括：
* 如何准确表示[[物种]]之间复杂的[[进化]]关系，这些关系不能通过单一的[[系统发育树]]来准确解释。
* 如何在计算上有效地处理和分析[[树-子网络]]，这是一类特殊的系统发育网络，近年来得到了广泛研究。
* 未定向的树-子网络在文献中大多未被探索，如何扩展对树-子网络的理解到未定向的情况。
* 决定一个未定向的系统发育网络是否可以定向为一个有根的树-子网络的[[计算复杂性]]问题尚未解决，如何找到解决这一问题的新方法。