WikiEdge:ArXiv速递/2025-04-25：修订间差异
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*'''原文链接'''：http://arxiv.org/abs/2504.18367v1 | *'''原文链接'''：http://arxiv.org/abs/2504.18367v1 | ||
'''中文摘要'''：[[药物]]-[[蛋白质]]结合与解离[[动力学]]是理解[[生物系统]]中[[分子相互作用]]的基础。尽管已有许多研究[[药物-蛋白质相互作用]]的工具（尤其是基于[[人工智能]]的[[生成模型]]），但针对结合/解离动力学和[[动态过程]]的预测工具仍显不足。我们提出了一种结合[[分子动力学模拟]]、[[增强采样]]和[[AI生成模型]]的新研究范式。通过设计增强采样策略，我们实现了药物-蛋白质解离过程在分子动力学模拟中的高效运行，并估算[[自由能面]]。基于该策略构建的分子动力学模拟程序流程，生成了包含26,612条药物-蛋白质解离轨迹（约1300万帧）的数据集[[DD-13M]]。利用该数据集训练的深度[[等变生成模型]][[UnbindingFlow]]，可生成无碰撞解离轨迹。DD-13M数据库与UnbindingFlow模型标志着[[计算结构生物学]]的重大进展，预计将在药物-蛋白质相互作用的[[机器学习]]研究中获得广泛应用。当前研究正致力于将该方法拓展至更广泛的药物-蛋白质复合物体系，并探索其在[[路径预测]]中的新应用。 | '''中文摘要'''：[[药物]]-[[蛋白质]]结合与解离[[动力学]]是理解[[生物系统]]中[[分子相互作用]]的基础。尽管已有许多研究[[药物-蛋白质相互作用]]的工具（尤其是基于[[人工智能]]的[[生成模型]]），但针对结合/解离动力学和[[动态过程]]的预测工具仍显不足。我们提出了一种结合[[分子动力学模拟]]、[[增强采样]]和[[AI生成模型]]的新研究范式。通过设计增强采样策略，我们实现了药物-蛋白质解离过程在分子动力学模拟中的高效运行，并估算[[自由能面]]。基于该策略构建的分子动力学模拟程序流程，生成了包含26,612条药物-蛋白质解离轨迹（约1300万帧）的数据集[[DD-13M]]。利用该数据集训练的深度[[等变生成模型]][[UnbindingFlow]]，可生成无碰撞解离轨迹。DD-13M数据库与UnbindingFlow模型标志着[[计算结构生物学]]的重大进展，预计将在药物-蛋白质相互作用的[[机器学习]]研究中获得广泛应用。当前研究正致力于将该方法拓展至更广泛的药物-蛋白质复合物体系，并探索其在[[路径预测]]中的新应用。 | ||
== 摘要 == | |||
* '''原文标题'''：The Evolution of Heavy Ion Abundances with Solar Activity | |||
* '''中文标题'''：太阳活动中重离子丰度的演化 | |||
* '''发布日期'''：2025-04-25 05:39:20+00:00 | |||
* '''作者'''：B. L. Alterman, Y. J. Rivera, S. T. Lepri, J. M. Raines, R. D'Amicis | |||
* '''分类'''：astro-ph.SR, physics.space-ph | |||
*'''原文链接'''：http://arxiv.org/abs/2504.18092v1 | |||
'''中文摘要'''：在1[[天文单位]]处观测时，慢速[[太阳风]]通常被认为源自[[磁拓扑结构]]间歇性向[[太阳圈]]开放的源区，而快速[[太阳风]]则被认为源自持续开放的源区（如[[冕洞]]）。[[太阳风氦丰度]]（AHe）随[[太阳活动]]的演化很可能由不同[[太阳风]]源区的演化驱动。基于[[Alterman]]等人（2025）提出的[[元素特征速度]]将[[太阳风]]分为快慢两类后，我们量化了[[氦]]和[[重元素]]丰度$(X/H):(X/H)_\mathrm{photo}$随[[太阳活动]]的演化。研究发现：AHe与[[太阳黑子]]数呈强相关性；快慢[[太阳风]]中平均非瞬态AHe均不超过[[光球层]]值的51%；慢速风[[重元素]]丰度随[[太阳活动]]显著变化而快速风无此特征；比[[氦]]更重[[元素]]的丰度与[[太阳黑子]]数的相关系数随质量增加单调递增；现场观测数据与归一化[[太阳黑子]]数的相关性强度优于未归一化数据。我们推断：[[太阳黑子]]数是标记[[太阳周期]]的时钟而非驱动丰度演化的物理过程；该物理过程很可能与[[色球层]]、[[过渡区]]或[[低日冕]]处加速[[太阳等离子体]]形成[[太阳风]]的可用能量相关；快慢[[太阳风]]丰度演化差异同样与这些高度处[[元素]]加速可用能量相关。 | |||
2025年4月28日 (一) 06:00的版本
摘要
- 原文标题：Enhanced Sampling, Public Dataset and Generative Model for Drug-Protein Dissociation Dynamics
- 中文标题：药物-蛋白质解离动力学的增强采样、公共数据集与生成模型
- 发布日期：2025-04-25 14:10:06+00:00
- 作者：Maodong Li, Jiying Zhang, Bin Feng, Wenqi Zeng, Dechin Chen, Zhijun Pan, Yu Li, Zijing Liu, Yi Isaac Yang
- 分类：physics.comp-ph, cs.LG, physics.chem-ph, q-bio.BM
- 原文链接：http://arxiv.org/abs/2504.18367v1
中文摘要：药物-蛋白质结合与解离动力学是理解生物系统中分子相互作用的基础。尽管已有许多研究药物-蛋白质相互作用的工具（尤其是基于人工智能的生成模型），但针对结合/解离动力学和动态过程的预测工具仍显不足。我们提出了一种结合分子动力学模拟、增强采样和AI生成模型的新研究范式。通过设计增强采样策略，我们实现了药物-蛋白质解离过程在分子动力学模拟中的高效运行，并估算自由能面。基于该策略构建的分子动力学模拟程序流程，生成了包含26,612条药物-蛋白质解离轨迹（约1300万帧）的数据集DD-13M。利用该数据集训练的深度等变生成模型UnbindingFlow，可生成无碰撞解离轨迹。DD-13M数据库与UnbindingFlow模型标志着计算结构生物学的重大进展，预计将在药物-蛋白质相互作用的机器学习研究中获得广泛应用。当前研究正致力于将该方法拓展至更广泛的药物-蛋白质复合物体系，并探索其在路径预测中的新应用。
摘要
- 原文标题：The Evolution of Heavy Ion Abundances with Solar Activity
- 中文标题：太阳活动中重离子丰度的演化
- 发布日期：2025-04-25 05:39:20+00:00
- 作者：B. L. Alterman, Y. J. Rivera, S. T. Lepri, J. M. Raines, R. D'Amicis
- 分类：astro-ph.SR, physics.space-ph
- 原文链接：http://arxiv.org/abs/2504.18092v1
中文摘要：在1天文单位处观测时，慢速太阳风通常被认为源自磁拓扑结构间歇性向太阳圈开放的源区，而快速太阳风则被认为源自持续开放的源区（如冕洞）。太阳风氦丰度（AHe）随太阳活动的演化很可能由不同太阳风源区的演化驱动。基于Alterman等人（2025）提出的元素特征速度将太阳风分为快慢两类后，我们量化了氦和重元素丰度$(X/H):(X/H)_\mathrm{photo}$随太阳活动的演化。研究发现：AHe与太阳黑子数呈强相关性；快慢太阳风中平均非瞬态AHe均不超过光球层值的51%；慢速风重元素丰度随太阳活动显著变化而快速风无此特征；比氦更重元素的丰度与太阳黑子数的相关系数随质量增加单调递增；现场观测数据与归一化太阳黑子数的相关性强度优于未归一化数据。我们推断：太阳黑子数是标记太阳周期的时钟而非驱动丰度演化的物理过程；该物理过程很可能与色球层、过渡区或低日冕处加速太阳等离子体形成太阳风的可用能量相关；快慢太阳风丰度演化差异同样与这些高度处元素加速可用能量相关。