WikiEdge:BioRxiv-2023.05.16.541039

• 標題：Ranked Subtree Prune and Regraft
• 中文標題：排名子樹修剪和接接
• 發布日期：2023-05-18
• 作者：Collienne, L.; Whidden, C.; Gavryushkin, A.
• 分類：evolutionary biology
• 原文連結：10.1101/2023.05.16.541039

摘要：系統發育樹是生物、物種、基因、癌細胞等進化歷史的數學形式化。對於許多應用，例如在分析病毒傳播樹或癌症進化時，人們對（系統發育）時間樹感興趣，其中分支長度代表時間。從（通常是分子）序列數據重建時間樹的計算方法，例如使用馬爾可夫鏈蒙特卡洛（MCMC）方法的貝葉斯系統發育推斷，依賴於採樣樹空間的算法。他們採用諸如SPR（子樹剪枝和接枝）和NNI（最近鄰互換）之類的樹重排操作，或者在推斷時間樹的情況下，採用考慮內部節點時間的這些操作的版本。雖然經典的SPR樹重排已經被深入研究，但是時間樹的變體卻不太被理解，這限制了時間樹方法的比較分析。 在本文中，我們考慮在排列系統發育樹空間上對經典的SPR重排進行修改，這些樹配備了對所有內部節點的排列。這種修改產生了兩種新的樹空間，我們建議研究。我們通過討論這些樹空間的算法屬性開始這項研究，重點關注與計算在排列SPR操作下的距離的複雜性以及與已知基於樹重排的樹空間的相似性和差異性有關的屬性。令人驚訝的是，我們顯示出一個違反直覺的結果，即向樹添加葉子實際上可以減少它們的排列SPR距離，這可能會影響給定不確定的"流浪類群"的時間樹採樣算法的結果。