作者面對的領域研究問題是如何表徵有根和無根的樹-子網絡，以及如何確定一個無根的系統發育網絡是否可以定向為有根的樹-子網絡。具體問題包括：
- 樹-子網絡的特徵化問題：樹-子網絡是一類特殊的有根系統發育網絡，作者試圖通過特定的「摘櫻桃序列」來表徵這類網絡。
- 無根樹-子網絡的探索問題：無根樹-子網絡在文獻中尚未被廣泛研究，作者試圖擴展對有根樹-子網絡的表徵方法，以探索無根樹-子網絡。
- 計算複雜性問題：確定一個無根系統發育網絡是否可以定向為有根樹-子網絡的計算複雜性尚未解決，作者通過提出新的表徵方法，為解決這一問題提供了新的途徑。