WikiEdge:ArXiv速遞/2025-04-25

摘要

• 原文標題：Enhanced Sampling, Public Dataset and Generative Model for Drug-Protein Dissociation Dynamics
• 中文標題：藥物-蛋白質解離動力學的增強採樣、公共數據集與生成模型
• 發佈日期：2025-04-25 14:10:06+00:00
• 作者：Maodong Li, Jiying Zhang, Bin Feng, Wenqi Zeng, Dechin Chen, Zhijun Pan, Yu Li, Zijing Liu, Yi Isaac Yang
• 分類：physics.comp-ph, cs.LG, physics.chem-ph, q-bio.BM
• 原文連結：http://arxiv.org/abs/2504.18367v1

中文摘要：藥物-蛋白質結合與解離動力學是理解生物系統中分子相互作用的基礎。儘管已有許多研究藥物-蛋白質相互作用的工具（尤其是基於人工智能的生成模型），但針對結合/解離動力學和動態過程的預測工具仍顯不足。我們提出了一種結合分子動力學模擬、增強採樣和AI生成模型的新研究範式。通過設計增強採樣策略，我們實現了藥物-蛋白質解離過程在分子動力學模擬中的高效運行，並估算自由能面。基於該策略構建的分子動力學模擬程序流程，生成了包含26,612條藥物-蛋白質解離軌跡（約1300萬幀）的數據集DD-13M。利用該數據集訓練的深度等變生成模型UnbindingFlow，可生成無碰撞解離軌跡。DD-13M數據庫與UnbindingFlow模型標誌着計算結構生物學的重大進展，預計將在藥物-蛋白質相互作用的機器學習研究中獲得廣泛應用。當前研究正致力於將該方法拓展至更廣泛的藥物-蛋白質複合物體系，並探索其在路徑預測中的新應用。

摘要

• 原文標題：The Evolution of Heavy Ion Abundances with Solar Activity
• 中文標題：太陽活動中重離子豐度的演化
• 發佈日期：2025-04-25 05:39:20+00:00
• 作者：B. L. Alterman, Y. J. Rivera, S. T. Lepri, J. M. Raines, R. D'Amicis
• 分類：astro-ph.SR, physics.space-ph
• 原文連結：http://arxiv.org/abs/2504.18092v1

中文摘要：在1天文單位處觀測時，慢速太陽風通常被認為源自磁拓撲結構間歇性向太陽圈開放的源區，而快速太陽風則被認為源自持續開放的源區（如冕洞）。太陽風氦豐度（AHe）隨太陽活動的演化很可能由不同太陽風源區的演化驅動。基於Alterman等人（2025）提出的元素特徵速度將太陽風分為快慢兩類後，我們量化了氦和重元素豐度$(X/H):(X/H)_\mathrm{photo}$隨太陽活動的演化。研究發現：AHe與太陽黑子數呈強相關性；快慢太陽風中平均非瞬態AHe均不超過光球層值的51%；慢速風重元素豐度隨太陽活動顯著變化而快速風無此特徵；比氦更重元素的豐度與太陽黑子數的相關係數隨質量增加單調遞增；現場觀測數據與歸一化太陽黑子數的相關性強度優於未歸一化數據。我們推斷：太陽黑子數是標記太陽周期的時鐘而非驅動豐度演化的物理過程；該物理過程很可能與色球層、過渡區或低日冕處加速太陽等離子體形成太陽風的可用能量相關；快慢太陽風豐度演化差異同樣與這些高度處元素加速可用能量相關。