WikiEdge:ArXiv-2408.17105v1/terms
跳至導覽
跳至搜尋
這篇文章的術語表如下：
- 樹-孩子網絡（tree-child network）：樹-孩子網絡是一種特殊的有根系統發育網絡，其中任意兩個具有至少兩個進度的頂點不通過邊相連，也沒有共同的父頂點。
- 有根系統發育網絡（rooted phylogenetic network）：有根系統發育網絡是有方向的無環圖，其中葉節點標記為物種，並且有一個單一的源頂點，稱為根。
- 無根系統發育網絡（unrooted phylogenetic network）：無根系統發育網絡是無向圖，葉節點同樣標記為物種，但不指定根頂點。
- 櫻桃揀選序列（cherry-picking sequence）：櫻桃揀選序列是系統發育網絡中葉節點序列的一種，通過反覆應用兩種簡化操作（cherry reductions）來減少網絡的複雜性。
- 櫻桃簡化序列（cherry-reduction sequence）：櫻桃簡化序列是一系列系統發育網絡，每個網絡都是通過前一個網絡的櫻桃簡化操作得到的。
- 果園網絡（orchard network）：果園網絡是有完整櫻桃簡化序列的系統發育網絡。
- 根（root）：在有根系統發育網絡中，根是具有0個進度和2個出度的唯一頂點。
- 樹頂點（tree vertex）：樹頂點是有根系統發育網絡中進度為1且出度為2的內部頂點。
- 網狀頂點（reticulation）：網狀頂點是有根系統發育網絡中進度為2且出度為1的內部頂點。
- 網狀化櫻桃（reticulated cherry）：在無根系統發育網絡中，如果兩個葉節點通過一個循環的邊相連，則這兩個葉節點構成一個網狀化櫻桃。
- 樹-孩子方向（Tree-Child-Orientation）：給定一個無根系統發育網絡，判斷是否存在一個有根樹-孩子網絡，使得無根網絡可以通過忽略根和所有邊的方向從有根網絡獲得。